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明代胡慎柔所撰虚劳专书，分五卷。论虚损、痨瘵证治，阐发护养脾胃、滋阴降火之“慎柔”心法，理法源于易水学派而自有创获，为虚劳证治重要典籍。
明代龚居中撰痨瘵专著，又名《红炉点雪》。以痰火立论，阐发肺痨火炼津成痰、灼金损阴之机，详载证治、调护与却病延年法，理法方药完备，为虚劳肺病扛鼎之作。
明代沈之问撰麻风专著。集家传心得与历代论述，系统阐述大风病因、辨证、分期治法及方药，倡用大枫子等药，为我国现存最早的麻风诊疗专书，极具学术价值。
《疠疡机要》为明代医家薛己所著麻风病专书，详论疠疡之病因、病机、形证与治则，重视内外兼治与调护，附列治验医案，为研究古代麻风病诊疗的重要文献。
《神应经》为综合类针灸医书，由明代陈会编撰、刘瑾于洪熙元年补辑而成。全书以针灸证治为核心，分述诸病针灸取穴与技法，条理清晰，切合临床实用，并附有穴位图谱，对明以后针灸学推衍影响较大。
《肯堂医论》为明代大医家王肯堂的医学杂论与临床札记汇编。内容涉猎医理阐发、本草考证与验案随笔，纵横古今，不拘一格，充分展现了王氏淹博的学识与阅历，是研习明代医学思想的重要参考。
《类经》将《内经》原文拆散重排，分摄生、阴阳、藏象、脉色等十二类，并逐条详注，务求精审而会通。明代张介宾历三十年编成，成书于天启四年，纲举目张，是系统整理研究《内经》的集大成巨著。
《类经图翼》辅翼《类经》，首载图解以明脏腑骨度、经络流注，次以“翼”为说，旁征博引阐发历法、运气、针灸等深奥义理。明代张介宾撰，图文互证，化难为易，为理解医经中艰涩概念提供了关键津梁。
《瘴疟指南》为明代医家郑全望编著。书成于岭南瘴疠流行之际，他汇通《内经》等典籍及个人临床体悟，专论山区瘴疟的病因、证型、治法与用药忌宜，并附图说及验案，辨证详明，是研究古代地方性传染病防治的重要医籍。
《玉机微义》为明初徐彦纯原撰，后经刘纯续增。全书以病证为纲，分门别类，采摘《内经》以来历代名医精论，并参以己见，详述诸证病因、病机、治则与方药。其内容宏富，条理清晰，集病源、方脉于一体，具有极高的临床参考价值。
《明医指掌》为明代皇甫中所辑综合性医书，以歌诀与论述结合，分述内、外、妇、儿各科病证，参合经典与临证心得，编撰目的是使学者“指下了然”，是明季普及中医知识与临证入门的重要读物。
《明医杂著》为明代王纶所撰综合性医论，汇辑其平素临证心得与医论，内容涵盖内科杂病、方药及医理，强调“外感法仲景，内伤法东垣”，为反映明代中期医学思潮与临床经验的重要作品。
